The ship actually disappeared in less than twenty minutes, __________ nearly 2,000 people with her.

B、taking

解析：【选项释义】A. to take 带走（不定式）；B. taking 带走（动名词，现在分词）；C. taken 带走（过去分词）；D. having taken 带走（动名词，现在分词）。
【解题思路】分析句子结构可知，逗号后是一个完整的句子，且逗号前后两部分之间没有连词，所以空处应用非谓语动词，和空后的nearly 2,000 people with her一起作状语。根据句意可知，the ship和take之间是逻辑上的主谓关系，且take表示的动作与谓语动词disappear表示的动作几乎同时发生，所以应用现在分词表示主动和进行。故本题选B。
【句意】这艘船实际上在不到二十分钟的时间里消失了，带走了近2000人。